Equipo
1 Nodo Maestro
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PROCESADOR: 1 INTEL® XEON® PROCESSOR 10 CORES E5-2650 V3 (25M CACHE, 2.30 GHZ).
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MEMORIA: 64GB (4x16GB) DDR4-2133 2Rx4 LP ECC REG RoHs.
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ALMACENAMIENTO: 2x i TB SATA 6Gb/s 7.2K RPM 128 MB.
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INTERCONEXIÓN (Infiniband QDR, ETHERNET GIGABIT).
2 Nodos de Cómputo con Tarjeta GPU Nvidia K80 C/U
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PROCESADORES: 1 INTEL® XEON® PROCESSOR 10 CORES E5-2650 V3 (30M CACHE, 2.30 GHZ).
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MEMORIA: 64 GB (8X8GB) DDR4-2133 1Rx4 ECC REG RoHS.
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ALMACENAMIENTO: 1 DISCO DURO DE 1TB SATA 6Gb/s 7.2K RPM 128MB.
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CONECTIVIDAD INFINIBAND: QDR.
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TARJETA GPU: 2 TARJETAS ACELERADORAS GPU NVIDIA TESLA K80M 24GB GDDR5 PCIE 3.0 .
8 Nodos de Cómputo en 2 Server Quad de 2U
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PROCESADORES: 2 INTEL® XEON® PROCESSOR 12 CORES E5-2670 V3 (30M CACHE, 2.30 GHZ).
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MEMORIA: 64 GB (8X8GB) DDR4-2133 1Rx4 LP ECC REG RoHs.
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ALMACENAMIENTO: 1 UNIDAD DE ESTADO SOLIDO DE 120GB.
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CONECTIVIDAD INFINIBAND: INCLUYE 1 TARJETA Y 1 CABLE QDR.
4 Nodos de Cómputo en 1 Server Quad
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PROCESADORES: 8 INTEL® XEON® PROCESSOR 112 CORES E5-2680 V4 (35M CACHE, 2.40 GHZ).
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MEMORIA: 256 GB (8X8GB) DDR4-2400 1Rx8 LP ECC REG RoHs.
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ALMACENAMIENTO: 4 UNIDADES DE ESTADO SOLIDO DE 960 GB SATA 3.0.
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CONECTIVIDAD INFINIBAND: INCLUYE 4 TARJETAS Y 4 CABLES FDR10.
4 Estaciones de Trabajo
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PROCESADOR: 1 Intel® Xeon® Processor 8 cores E5-2630v3 (20M Cache, 2.40 GHz).
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MEMORIA: 32 GB (4x 8GB) DIMM DDR4 2133 ECC REG CL15 DR X8.
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ALMACENAMIENTO: 2X1TB SATA 6Gb/s 7.2K RPM 128MB de 3.5”.
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TARJETA GRÁFICA: 1 NVIDIA GeForce GTX 750, 2GB-GDDR5, 512 NUCLEOS CUDA CORES.
2 Nodos de Cómputo Para Servidores Virtuales
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PROCESADOR: 4 Intel® Xeon® Processor 56 cores E5-2680 v4 (35M Cache, 2.40 GHz).
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MEMORIA: 1.536 TB (24x 32GB) DDR4-2400 2Rx4 LP ECC REG RoHS.
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ALMACENAMIENTO: 4 Unidades de Estado Sólido de 960 GB, SATA 6Gb/s para SO.
44 Unidades de Estado Sólido de 2.12 TB, SATA 6Gb/s para Almacenamiento.
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CONECTIVIDAD INFINIBAND: Incluye 2 Tarjetas y 2 Cables FDR10.
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TARJETA CONTROLADORA: STD LP, 16 Internal Ports, 24 GB/s Per Port - Gen3, 480 HDD, Raid 0,1,5,6,10,50,60.
1 Nodo Gateway
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PROCESADOR: 2 Intel® Xeon® Processor 14 cores E5-2680 v4 (35M Cache, 2.40 GHz).
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MEMORIA: 128 GB (8x 16GB) DDR4-2400 1Rx4 LP ECC REG RoHS.
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ALMACENAMIENTO: 2 Unidades de Estado Sólido de 480 GB, SATA 6Gb/s para SO.
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CONECTIVIDAD INFINIBAND: Incluye 1 Tarjeta y 1 Cable FDR10.
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TARJETA CONTROLADORA: 1 Controladora RAID.
4 Minicluster Cerebro32
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PROCESADOR: INTEL® CORE® i3-7100 DE 2 CORES (3M CACHE, 3.90 GHz)
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MEMORIA: RAM DE 16GB 2133 MHz DDR4
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ALMACENAMIENTO: UNIDAD DE ESTADO SOLIDO DE 120GB UNIDAD SATA DE 3TB
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TARJETA GRAFICA: GPU NVIDIA® GTX® 1080 DE 2560 CORES, MEMORIA GDDR5X DE 8GB CON ENFRIAMIENTO LIQUIDO
Almacenamiento
1 SISTEMA DE ALMACENAMIENTO LUSTRE DE 120TB DESPUES DE RAID CONFORMADO POR 1 SERVIDOR MDS Y 2 SERVIDORES OSS
SERVIDOR MDS
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PROCESADOR: 1 INTEL® XEON® PROCESSOR 10 CORES E5-2650 V3 (25M CACHE, 2.30 GHZ).
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MEMORIA: 64GB (4x16GB) DDR4-2133 2Rx4 LP ECC REG RoHs.
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ALMACENAMIENTO: 2 DISCOS DUROS DE 1TB SATA 6Gb/s 7.2K RPM 128MB DE 3.5” PARA SISTEMA OPERATIVO; Y 2 DISCOS DUROS DE 600GB SAS 6Gb/s 15K RPM 16M DE 3.5” PARA METADATOS.
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CONECTIVIDAD INFINIBAND: INCLUYE 1 TARJETA Y 1 CABLE DE QDR.
SERVIDOR OSS
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PROCESADOR: 1 INTEL® XEON® PROCESSOR 10 CORES E5-2650 V3 (25M CACHE, 2.30 GHZ).
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MEMORIA: 64 GB (4X16GB) DDR4-2133 2Rx4 LP ECC REG RoHs.
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ALMACENAMIENTO: 2 DISCOS DUROS SATA de 3.5" de 1 TB; 8 DISCOS DUROS SATA de 3.5" de 3 TB; Y 1 DISCOS DUROS SATA de 3 TB de 3.5" (Spare).
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CONECTIVIDAD INFINIBAND: 1 MELLANOX CONNECTX-3 VPI INFINIBAND ADAPTER CARD, SINGLE-PORT.
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QSFP FDR10 IB (40Gb/s) and 10GbE.
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1 MELLANOX PASSIVE COPPER CABLE, IB QDR/FDR10, 40Gb/s, QSFP, 3 METERS.
Red
1 RED DE DATOS INFINIBAND QDR
SWITCHX®-2 BASED 36-PORT QSFP FDR10 1U Externally managed infiniband switch system with a non-blocking switching capacity of 2.9tb/s. 2ps, standard depth, p2c airflow*, rohs-6 (msx6025t-1sfs)
1 RED DE ADMINISTRACIÓN ETHERNET
Existe una red de administración con Tecnología Gigabit Ethernet que conecta a todos los nodos de cálculo regulares, nodo maestro, nodo GPU, Sistema de almacenamiento Lustre.
Ambiente de administración, desarrollo y uso del clúster
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Sistema operativo Linux.
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Herramientas para la instalación y configuración automática de los nodos de cómputo.
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Herramientas para la administración de los nodos de cómputo.
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Sistema distribuido para la ejecución de aplicaciones de usuario.
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Sistema distribuido de monitoreo de recursos del clúster.
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Herramientas de desarrollo CPU opensource/comercial.
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Herramientas de desarrollo GPU opensource/comercial.
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Herramientas de administración física-remota de los nodos de cómputo.
Software de Servicio
SMMP: Dinámica Molecular
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Web: http://www.hansmann-lab.com/cbpc/smmp/smmp.php.
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Información: El paquete SMMP (del inglés Simple Molecular MechanicsforProtein) se emplea para la simulación de proteínas lineales. Éste contiene varios algoritmos modernos de Monte Carlo y rutinas de minimización de la energía. Incluye subrutinas para la aproximación de la interacción proteína- disolvente.
AMBER: Sistema de dinámica molecular para GPU
NAMD: Dinámica Molecular Escalable
Software CAD/CAM:
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Web:http://www.softwarecadcam.com/
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Información:Software para el diseño electrónico CAD, CAM. Permite diseñar geometría de objetos y escenarios a través de diferentes perspectivas.
ELMER:
CAE/Linux:
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Web: http://caelinux.com/CMS/
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Información: Software para el diseño electrónico CAD, CAM, CAE / FEA / CFD. Permite diseñar geometría de objetos y escenarios a través de diferentes perspectivas.
Software para desarrollo de cómputo de alto desempeño, que incluye:
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FFTW: Biblioteca de subrutinas en C para el cálculo de la transformada de Fourier discreta en una o más dimensiones, para datos reales o complejo.
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Blitz++: Es una biblioteca de clases para cómputo científico que proporciona rendimientos similares con Fortran 77/90. Utiliza plantillas par lograr alto rendimiento. Blitz++ proporciona matrices y vectores densos, generadores de números aleatorios y vectores pequeños.
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EISPACK: Es una biblioteca de subrutinas en Fortran que calculan los valores y vectores propios de nueve clases de matrices: Compleja general, Compleja Hermitiana, Real general, Real simétrica, Real simétrica bandada, Real simétrica tridiagonal, Real especial tridiagonal, Real generalizada, Real generalizada simétrica. Además, incluye dos rutinas para el uso de descomposición de valor singular para problemas de mínimos cuadrados.
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HDF5: Bibliotecas para manejo de datos científicos. Puede almacenar dos objetos principales: conjunto de datos y grupos.
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MKL: Bibliotecas con rutinas matemáticas optimizadas que incluyen BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, transformada de Fourier y operaciones con vectores.
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Compiladores: Suite de compiladores C, C++, Java, Fortran, para el desarrollo de aplicaciones científicas y tecnológicas.
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DESMOND: Realiza simulaciones de dinámica molecular de alta velocidad de sistemas biológicos. El código utiliza nuevos algoritmos paralelos y técnicas numéricas, para lograr un alto rendimiento y precisión sobre plataformas que contienen un gran número de procesadores.
CUDA Toolkit 8.0 instalado en Cerebro32, que incluye las siguientes herramientas de desarrollo:
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C/C++ compiler (GNU y NVCC)
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Nvidia Visual Profiler
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GPU-Accelerated FFT
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GPU-Accelerated BLAS
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GPU-Accelerated Spare Matrix Library
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GPU-Accelerated Dense and Sparse Direct Solvers
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GPU-Accelerated Random Number Generation
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GPU-Accelerated Image & Video Processing Primitives
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GPU-Accelerated Graph Analytics Library
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CUDA Math Library
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Nsight - Integrated Development Environments
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GPU-Accelerated Deep Learning Library
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CAFFE Entorno de aplicaciones de Machine Learning
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GPU-Accelerated Thrust Library
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Boost Library (versión personalizada)
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GCC 6.2 con soporte experimental para OPENACC
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SCL con diferentes entornos de desarrollo y herramientas
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HOOMD.- Es un juego de herramientas de simulación de partículas de próposito general. Se escala desde un único núcleo de CPU a miles de GPUs.
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GROMACS.- (GROningen MAchine for Chemical Simulations) es un programa de alto rendimiento, de código abierto, multiplataforma utilizado para realizar simulaciones de dinámica molecular de sistemas con cientos de millones de partículas. Gromacs fue originalmente desarrollado en la Universidad de Groningen, pero por ser de código abierto ha sido reimplementado por muchos otros desarrolladores.
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NAMD.- (Not (just) Another Molecular Dynamics program) es un software para dinámica molecular en paralelo diseñado para simulaciones de alto desempeño de sistemas biomoleculares.
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LAMMPS.- Es un programa de dinámica molecular de los laboratorios nacionales de Sandia. Es un software libre y de código abierto, distribuido bajo los términos de la GNU General Public License.
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GPUSPH.- Es una implementación de Smoothed Particle Hydrodynamics (SPH) en tarjetas GPus de Nvidia.
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NWCHEM.- NWChem es un paquete de software de química computacional, que tambien permite realizar cálculos de química cuántica y dinámica molecular. Fue diseñado para funcionar en superordenadores paralelos de alto rendimiento, así como clústers de estaciones de trabajo convencionales. NWChem ha sido desarrollado por el grupo de Software de Ciencias Moleculares Ambientales (EMSL) en el Laboratorio Nacional del Pacífico Noreste (PNNL).
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MOLDYNAMICS.- El sistema contiene la implemantación básica de un programa de dinámica molecular el cual calcula la interación entre las partículas del sistema. Se desarolla el cálculo de diferentes variables: Energía Potencial, Energía cinética, Energía Total y la Temperatura. La fuerza que existe entre las partículas es obtenida a tráves del cálculo del potencial llamado Lennard-Jones.
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VASP.- El Viena Ab Initio Simulation Package, más conocido como VASP, es un paquete para realizar cálculos de dinámica molecular cuántica (MD) utilizando pseudopotenciales de Vanderbilt. La metodología básica es la teoría de los funcionales de densidad (DFT), pero el código támbien permite el uso de correcciones post-DFT tales como los funcionales híbridos que mezclan el intercambio DFT y Hartree-Fock, y la teoría de perturbación de muchos cuerpos.
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FINANCE BENCHMARK.- Este paquete contiene códigos para las aplicaciones financieras Black-Scholes, Monte-Carlo, Bonds y Repo que pueden ejecutarse en la CPU y la GPU. ("Accelerating Financial Applications on the GPU" which was presented at the Sixth Workshop on General Purpose Proccesing Using GPUs (GPGPU 6)).
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BARRACUDA.- Este software acelera vía la GPU el proceso de mapeo de secuencias para genomas.
Imágenes
Centro de Investigación en Petroquímica Secundaría
Clúster Híbrido Ehecatl
Área de Equipos Hibridos para computo de alto desempeño
